La presencia española en la región data de la época de los Reyes Católicos, cuando Diego García de Herrera fundó en un lugar de la costa utilizado como base temporal de marineros y pescadores españoles desde hacía tiempo (el Río de la Mar Pequeña), una torre esclavista denominada Santa Cruz de la Mar Pequeña (1476 o 1478), Torre de Santa Cruz o Santa Cruz de África, reconstruida en 1496. La importancia del establecimiento derivaba de ser base de las cabalgadas españolas en busca de esclavos. Los españoles fueron desalojados en 1524 por los bereberes de la zona.

Un territorio como derecho por ese antiguo establecimiento, fue reconocido a España por Marruecos el 26 de abril de 1860, mediante el Tratado de Paz y de Amistad entre España y Marruecos firmado en Tetuán, tras una corta guerra. A pesar de quedar decidida la ubicación en Sidi Ifni, la presencia española fue inexistente hasta 1934, cuando el coronel Capaz tomó posesión de la zona. Con motivo de la sublevación militar de 1936 contra la República Española, el territorio queda en manos del bando sublevado desde el principio. Hasta 1952, Ifni tuvo el estatus de protectorado. En ese año se convirtió en parte del África Occidental Española.

Ifni constituyó desde 1958 (terminada la guerra) hasta enero de 1969 (retrocesión a Marruecos) una provincia española, regida por un gobernador general, que enviaba procuradores a las cortes franquistas, siendo territorialmente y en la práctica sólo un núcleo poblacional (una ciudad) española más.